• การปลูกถ่ายด้วยตนเอง: การปลูกถ่ายประเภทนี้ใช้เซลล์ต้นกำเนิดของผู้ป่วยเอง ซึ่งจะถูกเก็บก่อนที่จะเข้ารับการบำบัดด้วยเคมีบำบัดปริมาณสูงหรือการฉายรังสี สเต็มเซลล์ที่เก็บได้จะถูกแช่แข็งและเก็บไว้จนกว่าผู้ป่วยจะพร้อมสำหรับกระบวนการปลูกถ่าย เมื่อการรักษาด้วยการปรับสภาพเสร็จสิ้น สเต็มเซลล์จะถูกละลายและฉีดกลับเข้าไปในกระแสเลือดของผู้ป่วยเพื่อสร้างไขกระดูกขึ้นใหม่

• การปลูกถ่ายแบบ Allogeneic: การปลูกถ่ายประเภทนี้ใช้สเต็มเซลล์จากผู้บริจาค ซึ่งมักจะเป็นสมาชิกในครอบครัวหรือผู้บริจาคที่ไม่เกี่ยวข้องกัน ก่อนการปลูกถ่าย ผู้ป่วยจะได้รับเคมีบำบัดปริมาณสูงหรือการฉายรังสีเพื่อกำจัดไขกระดูกที่เป็นโรค เซลล์ต้นกำเนิดของผู้บริจาคจะถูกรวบรวมผ่านกระบวนการที่เรียกว่า leukapheresis และฉีดเข้าไปในกระแสเลือดของผู้ป่วย เซลล์ต้นกำเนิดที่ปลูกถ่ายจะเดินทางไปยังไขกระดูกและเริ่มผลิตเซลล์เม็ดเลือดใหม่

การปลูกถ่ายทั้งสองแบบมีประโยชน์และความเสี่ยงในตัวเอง และทางเลือกระหว่างสองอย่างนี้ขึ้นอยู่กับเงื่อนไขทางการแพทย์เฉพาะเจาะจง อายุ และสุขภาพโดยรวมของผู้ป่วย โดยทั่วไปการปลูกถ่ายด้วยตนเองมีความเสี่ยงน้อยกว่าการปลูกถ่ายแบบ allogeneic เนื่องจากไม่มีความเสี่ยงต่อโรคที่เกิดจากการรับสินบนกับโฮสต์ ซึ่งอาจเป็นภาวะแทรกซ้อนที่สำคัญของการปลูกถ่ายแบบ allogeneic อย่างไรก็ตามการปลูกถ่ายอวัยวะด้วยตนเองอาจไม่เหมาะกับผู้ป่วยบางราย เช่น ผู้ป่วยที่เป็นมะเร็งที่แพร่กระจายไปยังไขกระดูก